El Museo de Arte de El Salvador ha presentado un significativo número de exhibiciones desde que abrió sus puertas al público en mayo de 2003. A continuación se mencionan los títulos de algunas de las exhibiciones internacionales más importantes, así como las exhibiciones de artistas nacionales presentadas en las salas del museo.

2003
Picasso. Suite Vollard (Instituto de Crédito Oficial. España); Paisajes y Paisajes del Siglo XIX (Museo Soumaya, México); Carlos Mérida: Canto al Libro Sagrado (Museo de Arte Carlos Mérida, Guatemala).
Exhibiciones de artistas nacionales: Julia Díaz: La Herencia de sus Sueños; José Mejía Vides: 70 años de Expresión.

2004
Pintura Europea de los Siglos XVII y XVIII (Fundación Ortiz Gurdián, Nicaragua); Exvotos Mexicanos (Secretaría de Relaciones Exteriores de México);
Exhibiciones de artistas nacionales: Rosa Mena Valenzuela. Transformaciones, Provocaciones y Diálogos; Carlos Cañas. Obras Sobre Papel 1944-2004.

2005
Francisco Zúñiga 1912-1980 (Fundación Zúñiga Laborde A.C., México); Grabados de Rembrandt (Fundación Ortiz Gurdián, Nicaragua); Una Colección de Escultura Moderna Española con Dibujo (Instituto de Crédito Oficial, España); Siqueiros. La colección del Museo Soumaya (Museo Soumaya, México).
Exhibiciones de artistas nacionales: Camilo Minero. La Poesía del Testimonio.

2006
Henri Cartier-Bresson. Cuadernos Mexicanos 1934-1964 (Magnum Photos y Fundación Henri Cartier-Bresson, París); Ecos y Contrastes. Arte Contemporáneo en la Colección Cisneros (Fundación Cisneros, Venezuela); V Bienal de Artes Visuales del Istmo Centroamericano (MARTE).
Exhibiciones de artistas nacionales: Realidades y Expresiones: Tendencias en la Pintura Salvadoreña (1970-1992); Salarrué, El último Señor de los Mares.

2007
Carmen: 25 Litografías Originales de Salvador Dalí (Carlos Woods arte antiguo y contemporáneo, Guatemala); Sin límites: Pintura Española y Salvadoreña para un Nuevo Siglo (Instituto de Crédito Oficial, España); Informe para una Academia. Francisco Toledo, 23 Grabados del maestro mejicano basados en la obra de Franz Kafka (Embajada de México en El Salvador) La Intimidad y el Distanciamiento. 23 artistas residentes de Berlín. Alemania (Embajada de Alemania en El Salvador)

La exhibición de arte nacional presentada por MARTE del 22 de mayo de 2003 al 15 de abril de 2007 tenía como título Puntos cardinales: (1900-1992) Momentos clave en el arte salvadoreño en el Siglo XX. Esta muestra contenía pinturas distribuidas en cuatro secciones temáticas: Memoria y cultura, Rostros y figuras, Realidad y fantasía y Entorno y materia.

2008
El legado de Rosa Mena Valenzuela; Raúl Elas Reyes: Trascendiendo los paisajes (MARTE) ; Elucubración Marsupial o el Magnetismo de la Mantis; Selección PROMERICA para la VI Bienal de Artes Visuales del Istmo Centroamericano; La Odisea ilustrada por Marc Chagall; José Mejía Vides: Bocetos inéditos; Ciudades Periferias: entre espacios físicos y dimensiones humanas; I dream of the stans: Videos actuales de Asia Central; Retratos: Renaud Monfourny; Tierra Anegada: Jesús Urbieta; Joan Miró Galería de Antirretratos (Seacex, Fundació Joan Miró).

2009
Joan Miró Galería de Antirretratos (Seacex, Fundación Joan Miró); Julio Zadik: un fotógrafo moderno en Guatemala 1937 - 1965; Rare Paintings: José Manuel Ciria; Pep Duran: Sin escenario; Museo de Arte Costarricense: 60 Obras del Siglo XX. Yasu Suzuka. Mandala; CONTEMPO 2009; Benito Rosas: Escultura peruana contemporánea.

2010
Paloma Navares. Otros páramos, mundo de mujeres 2001-2009; Gaudi. La Sagrada Familia; EX IT (EXposición ITinerante).  Programa Marte Contemporáneo; Michael Sibilia. La luz: Reflejos de la Semana Santa en Suchitoto; Hunt Slonem. Liberación espiritual; Selección PROMERICA para la VII Bienal de Artes Visuales del Istmo Centroamericano; Picasso - Retratos Imaginarios; Optic Nerve, videos del Museo de Arte Contemporáneo del Norte de Miami (MOCA),